Citrine 也是一个材料学数据库，自带了机器学习工具，大家也可以研究琢磨一下。官网是 https://citrination.com/search/simple?searchMatchOption=fuzzyMatch。这里，我们将通过几个例子了解如何在这个数据库中获取数据。在Citrine中获取数据需要用到 matminer.data_retrieval.retrieve_Citrine.C ...

https://nbviewer.jupyter.org/github/hackingmaterials/matminer_examples/blob/master/matminer_examples/data_retrieval-nb/data_retrieval_basics.ipynb 从Materials Project 数据库获取从Materials Project数据库获取数据得用到 ...

今天向大家隆重介绍一款材料类的机器学习开源软件：Matminer！机器学习预测材料性质，乃至逆向设计材料是材料领域的热门研究话题。很多同学有心做机器学习方面的研究，奈何不知道有哪些实用的代码，从而使项目一拖再拖。材料类的机器学习软件有很多，我比较喜欢Matminer这一款，因为它是由Pymatgen开发者开发的，非常易于使用。现在就向大家介绍一下这款软件（本教程根据Matminer官网https: ...

大师兄在9月8日的文章中讲了如何用 Pymatgen 计算离子的电导率（该方法可以用来研究固态电解质等问题），本次，大师兄介绍一下如何使用 Pymatgen 可视化离子的迁移概率密度。 先举个例子， 在“Design principles for solid-state lithium superionic conductors”一文中（Wang et al., Nature Materials ...

前面一节我们介绍了Ubuntu虚拟机的安装，今天就介绍一些Ubuntu常用软件的软装。大部分极其简单，敲个命令，输入下密码就能解决。少部分非常简单，设置下环境变量就可以解决。有些安装比较蛋疼的可以借助第三方平台比如Anaconda等来安装，也可以归纳到非常简单的行列中。所以，So easy！！！ 1 第一件事：打开终端（CONTROL + ALT + T），创建~/bin 文件夹。 1qli@b ...

为方便新手入坑，这里我们先介绍一下Ubuntu虚拟机的安装细节。VMWARE和VirtualBox是两个主要的选择，前者收费，后者免费。当然介绍免费的喽。 本节主要把安装的过程展示一遍，然后把需要注意的细节强调一下。安装虚拟机要量力而行，优先在台式机上安装虚拟机。如果你的电脑配置很普通的话，运行起来可能不会很流畅。 第一步： 准备工作1 下载Ubuntu的安装包 https://ubuntu.co ...

P4vasp是一款基于Python2的，用于可视化，搭建结构的软件。由于Python2已经被时代所淘汰，p4vasp官网也不见任何的针对python3的更新改进，这个软件估计要凉，跟我们再见了。但Ubuntu20安装也不是很难，能撑到博士毕业应该问题不大。经过多次的测试，下面是p4vasp的安装过程，非常简单。 下载并解压下载链接：http://www.p4vasp.at/#/download ...

今天我们介绍ASE的另一个骚操作：结合Openbabel自动搭分子结构。与其说是ASE的骚操作，不如把这个骚字放在Openbabel头上。Openbabel是一款功能极其强大的结构转化工具。如果你在用它，我就不在这里啰嗦了。如果你没听过，可以通过这个链接来初步了解一下。（http://openbabel.org/wiki/Main_Page） 鉴于Openbabel的安装比较蛋疼，先送一波福利（M ...

本节介绍一下ASE的另一个骚操作—扩胞。说到扩胞，这个大家都不陌生，可以有很多种方式来实现，本教程中就介绍了p4vasp的一种操作，今天就看一下ASE的骚操作吧。废话不多说，直接上例子和脚本。 例子：本例子中，主要把优化好的一个(1x1)-Ru(0001)的slab 扩胞为（4x4）的slab。为什么这样做呢？因为直接优化刚刚切好的（4x4)slab会有些费时间。先优化（1x1)的，在CONTCA ...

ASE 在 DFT 计算中的骚操作令人印象深刻。类似 ASE 的科研工具还有很多，比如 VASPKIT 和 QVASP。熟练使用这些科研工具肯定会助力大家快速完成科研任务，发出更好更高质量的文章。 此次，本文向大家隆重介绍另一款出色的科研工具：Pymatgen。 Pymatgen 是 python materials genomics 的缩写，它是一款基于 python 的、开源的、强大的材料分析 ...

对科研狗们来说，ASE不是Automotive Service Excellence的缩写，而是Atomic Simulation Environment。是一款基于Python语言的工具软件，可以方便地处理DFT计算中结构搭建，准备输入文件准备，读取输出文件，既可以可视化，又可以用来转换文件格式。本文主要介绍ASE在DFT计算中的骚操作。这个”骚”字让我想起来小学的时候，同桌读了屈原的《离骚》， ...

本节主要给大家介绍一下中间体计算的具体流程。 计算中间体前的准备： 1）催化剂表面模型的结构以及性质自己多多了解；表面原子排列，谁带正电荷，谁带负电荷，原子间距等等，这些基本的东西自己心里要有数；没事可以整理到表格或者ppt里面，方便以后写文章用； 2） 表面上可能发生的反应路径，各个基元反应，自己列举出来，整理归类方便以后分析。 3）反应路径中各种可能分子的吸附结构先优化完成，通过这些基本分子的 ...

上一节我们简单介绍了一下搬砖的原则性问题。这一节，我们主要分析下搬什么砖的问题。继续采用甲醇在金属表面上分解的这个例子。物化书中我们学过表面反应的基本步骤： 1）反应物分子的吸附；2）表面反应； 3） 产物脱附。 甲醇分解反应第一步是先从气相吸附到催化剂金属表面。 对于这一步， 我们自然需要从甲醇的气相分子出发，研究甲醇分子在表面上的吸附结构。其中涉及到一些基本的计算细节： 1） 如何优化气相分子 ...

在线弹性理论中，体系被施加一个无穷小的应变，从而体系应变后的能量可以以小应变为自变量泰勒展开，并忽略二阶导以上的高阶项。通过对不同特定的独立的应变模式求解能量应变方程或者应力应变方程，我们可以获得材料所有的二阶弹性常数（SOECs）。SOECs反映了体系的简谐弹性特征。通过SOECs，一方面我们可以获得体系的基于Vogit-Reuss-Hill平均的多晶力学性能，包括杨氏模量，剪切模量，体积模量， ...

在上文中，我们介绍了用于解释Hall Petch关系的位错阻塞模型和晶界位错源模型。两种理论都是较为早期出现的模型，原理上相对简单，因此文章中仔细介绍了相对应的推导过程。本文将继续介绍剩下的相关模型，由于推理过程相对复杂，读者如果对具体推导过程有兴趣可以阅读对应参考文献。 上文介绍的两种模型都未在公式中直接体现材料变形中塑性应变对Hall Petch系数的影响。因此，位错阻塞模型和晶界位错源模型仅 ...

Hall Petch关系是材料学中描述多晶材料最为重要的一个相关关系，它反映了材料强度与晶粒的尺寸的开方成反比。同时材料在极小晶粒尺寸下表现出的反常Hall Petch 关系也一度成为材料学家的研究热点。关于反常Hall Petch关系的研究发现屡现于高水平期刊，本文将不做更多介绍。从Hall Petch关系的第一次报导开始，已经有大量的文章针对各种材料体系（纯金属，金属间化合物，多相合金等等）进 ...

基于DFT+U研究应力调控CeO2(111)催化分解水制氢的活性 研究背景 氢能清洁无污染，是最具潜力的能量载体。使用太阳能、风能和水能转换得到的清洁电能电解水制氢是人来未来最具发展潜力的、可持续的、绿色环保的制氢技术。传统低温碱性电解水制氢技术的效率受限于液体电解质较低的传质过程和氧电极较慢的反应动力。相比于液体传质技术，新兴发展的高温固体燃料电池 (SOEC)技术以固体作为传质媒介，充分利用 ...

理论模拟导向的催化剂理性高效设计策略用于醇的选择性胺化 第一作者：王涛 通讯作者：Philippe Sautet 研究背景 胺是工业上生产药物、农用化学品、生物活性剂、聚合物和染料的重要中间体化合物，其中伯胺是衍生化反应的关键试剂。传统合成胺的方法包括氨与烷基卤的直接反应，或通过还原硝基络合物和腈，但是这些工艺的缺陷在于产生有害的副产物、废弃物并消耗大量氢气。而利用氨气通过借氢反应机理直接胺化脂 ...

工作简介 上海交通大学密西根学院朱虹老师课题组诚聘博士后 1~2 名，负责或协助团队进行金属合金体系的腐蚀性能的理论预测和腐蚀机理的研究，将与腐蚀实验团队以及世界各地的材料基因组计算研究团队开展紧密合作 (UC Berkeley, University of Michigan, UC San Diego, Georgia Tech, University of Maryland, etc)，并在 ...

Python现在越来越流行，连微信朋友圈都开始推广一些python培训课程广告了：俩美女一起上班，一个瞬间完成工作，另一个一脸懵逼地问道你咋这么快就干完活啦？另一个回答道：因为我学习了Python啊。是的，Python确实有这些神奇的功效，但在网络这么发达的时代，想学习python的途径有很多，参加什么割韭菜的培训班啦，找个计算机学院的男女朋友啦，向师兄师姐学习啦，自己学习琢磨啦等等。 学习P ...