通过job-ID快速进入计算目录，可以有效地避免狂输cd命令，提高我们的计算效率。本节我们通过在国科智算超算中心的演示，介绍一个Slurm任务管理系统，保存任务ID，计算目录，并快速根据ID进入计算目录的方法。 核心思想：有很多种方法可以实现：通过Job-ID进入计算目录的办法。这里只介绍本节的思路。 通过squeue 命令获取用户所有的任务的ID； 通过scontrol 命令获取所有ID对应的 ...

国科智算提交VASP任务今天QQ群里，有人问怎么在国科智算的超算中心提交VASP的任务。本着一言不合就写教程的态度，这一节我们就看下VASP的任务是怎么提交的。提交任务的脚本见群文件：vasp_qiangli.sh。下载后重命名成vasp.sh即可。想试用的，购买机时的可以加QQ群：608307988咨询一下。 Slurm国科智算上系统采用的是slurm 任务调度工具。Simple Linux U ...

前面的准备工作完成了，INCAR，KPOINTS，POSCAR（IMAGES）， POTCAR也检查完了。剩下的就是准备脚本提交文件了。本节主要是在天河II号超算中心上给大家简单示范一下： 1）准备脚本，提交任务； 2）过渡态任务运行时候的查看； 3） VTST脚本nebresults.pl的安装和使用。 提交任务首先通过命令操作，熟悉下天河II号超算中心提交NEB计算的流程。 1234567 ...

前面一节，我们提到说，在Ubuntu或者其他Linux系统下面，可以使用p4vasp或者ASE将结构批量打开，查看我们初步设置的NEB路径是否合理。但是在Windows系统下，我们不方便使用命令进行查看。这里介绍一下在Windows下面通过VASPkit结合VMD查看NEB路径结构的方法。 软件的获取： VASPkit程序的下载 链接：https://sourceforge.net/project ...

前面我们介绍了怎么准备过渡态计算的INCAR，POSCAR，POTCAR和POTCAR，这一节理所当然，就是要提交任务了。过渡态计算的时候，和大多数的计算是一样的：检查输入文件，准备好脚本，敲命令提交任务。所以，我们就在这三个方面展开，具体讨论一下里面的细节部分，避免不必要的出错，提高计算的成功率和效率。 心态算过渡态的时候，要把自己想象成一个整装待命的狙击手，要熟悉自己的枪（VASP），周围的环 ...

过渡态计算INCAR的设置vasp的过渡态任务所需要的五个文件：INCAR, KPOINTS, POSCAR, POTCAR以及脚本。我们已经学习了三个，还差INCAR和脚本，这一节，我们主要介绍INCAR中参数的设置。很多读者都没有接触过渡态的计算，总是幻想着过渡态是如何地高大上，令人可望而不可即。其实很简单，记住前面我们说的那句话，过渡态的计算无非就是优化一个特殊的结构而已。既然是优化结构，那 ...

前面2节我们讲了如何通过vtst的脚本进行插点,得到过渡态计算中特定数目的images，以及一个非常实用的小脚本来固定slab模型中底层的原子。本节我们就准备一下过渡态计算中：POSCAR、KPOINTS和POTCAR文件的准备工作。 关于Images前面我们插了8个点，得到10个文件夹，分别为00， 01， 02，….09 细心的你会发现，每个文件夹中都会有一个POSCAR文件。00 中的POS ...

在学习下面neb的计算前，思考了很久，感觉有必要先给大家介绍一个非常实用的python小脚本，经历过反复的修改，最终在群友小塔玛斯的努力下，完成了一个稳定的过渡态计算中非常实用小脚本：POSCARtoolkit.py 本节我们介绍一下这个脚本的具体使用方法。 版本和版权问题：版本： 这个脚本有2个版本，分别适用于python3和python2的2.6及以上版本。 大家根据自己使用的python版本 ...

不好意思，让大家久等了。最近一直很忙，后面还是会很忙。为了不让大家失望，抽时间把简单的过渡态计算讲解一下，这一节我们需要学习的是通过CI-NEB（Climbing Image Nudged Elastic Band）计算H原子在Ru(0001)表面上的扩散过程。 NEB计算过渡态的准备工作准备工作1： 说到NEB或者CINEB，不得不提的就是Henkelman课题组的VTST：http://he ...

前面一节我们讲了直接优化NH3翻转的过渡态。这一节我们继续直接优化过渡态的介绍。计算乙烷分子（CH3CH3）绕C—C键旋转的过渡态。我们知道：乙烷有交错式和重叠式构型。而重叠式能量较高。想象乙烷分子绕着C—C旋转，从交错式到重叠式，再到交错式这一个过程。很容易就得到这个结论：重叠式的结构就是过渡态。所以，如果计算这个过渡态的工作就转化成了优化重叠式的构型。这也是本节的一个主要思想。 手动搭建初始 ...

从本节起，我们开始学习下过渡态相关的计算。在进行下面的讲解之前，大家务必要记住这两点： 1） 过渡态只是一个结构而已，过渡态的计算并不是你想象的那么神秘；也就是计算很容易。 2）物理化学，结构化学书中的过渡态相关的基本知识要掌握，也就是你的理论基础要扎实。感觉基础不好的，认真看书。 过渡态计算的例子我们遵循一个从简单到复杂的顺序，慢慢介绍一下表面化学中过渡态的一般计算思路和方法。简单的例子 ...

上一节我们知道怎么获取气相分子的熵以及吉布斯自由能的计算。这一节，我们简单介绍一下表面吸附分子熵的计算。 复习基础知识首先我们应该要知道对一个体系来说，都有哪几部分对熵有贡献。一般熵通过统计热力学计算分子的配分函数来获取：主要有平动，转动，振动，电子以及核这5部分。参考下面的这个链接： http://210.45.168.34:8080/elite/wlhx/jiaocai/C_05.htm 或者 ...

前面几节，我们讲解完成了表面上吸附的计算细节。学习到现在，表面吸附的具体流程，如何简化计算，如何判断优化的结构正确与否，这些都是你应该掌握，并且时刻保持思考的事情。尤其是计算存在N种可能性的时候。当你优化出来最稳定的结构，一定要认真琢磨一番，为什么这个结构比其他的构型稳定？是什么因素导致了这个结构最稳定？ 从本人多年老司机的经验，简单来说：最稳定的结构从骨子里都透着美的气质，也就是比其他结构看起来 ...

前面我们搭建了十二个H$_2$O的初始吸附构型。为了获取最稳定的结构，我们需要将这些可能的结构都优化一遍，然后通过吸附能来判断。但是这12个结构，我们都要优化的话，需要很多的机时，尤其是对于那些不太富裕的课题组来说，计算量着实不小。那么我们应该怎么办呢？ 回顾： 1）前面几节我们讲的通过简化模型来加快计算的步骤 2）谁偷了我的机时系列。 这里我们可以选择的办法有N个：主要是这两个：1） 减小 ...

结合上一节的内容，下面主要讲解一下H$_2$O分子在Cu(111)表面吸附的初始模型搭建。 1. 计算H$_2$O气相分子的能量相信大家已经轻车熟路了（老司机）。只将INCAR，KPOINTS，POSCAR列出来，不再详细解释。如下图： 提交任务，结束后，将CONTCAR中的Direct坐标转换为Cartesian，方便后面的表面模型搭建。 怎么转换前面也讲过了，这里也不再啰嗦。 ☆☆☆注意： ...

经过前面的学习，相信对于：单原子和双原子分子的吸附，大家已经掌握了怎么搭建模型，以及计算吸附能了。下一节我们要讲的是三原子分子的吸附。在进行三原子分子吸附的计算之前，我想是时候祭出本人使用p4vasp搭结构的一个法宝了。古人语，工欲善其事，必先利其器。所以，本人认为这一节的学习对于以后的结构搭建非常重要，尤其是对于那些使用p4vasp的筒子们来说。说了这么多废话，本节主要内容是手动搭建一个H$_2 ...

前面我们讲解了一堆单原子的吸附计算和一些日常的操作，现在是时候来点复杂的操练了。这次，我们拿CO开刷，计算它在Cu(111)表面上的吸附。由于CO比前面的O多了一个原子，复杂性稍微提高了些，但也不是太复杂。作为一个由简单向复杂体系的过渡，是一个很好地例子。 在计算CO的吸附之前，我们首先要了解以下3点：（都是教科书里面的经典内容，下面只列出来，不再细说，如果不懂的话，找本结构化学书好好啃一啃。） ...

在进行本文的内容之前，大家先玩个人尽皆知的小游戏： 找不同（一）找出下面两幅图中不同的部分。 相信这个大家很快都能找出来，找不出来的话，不建议继续浏览下面的部分。 （二）下面两个截图中，找出不同的部分 （三）下面两个截图中，找出不同的部分 聪明美丽能干活泼善良可爱宇宙超级无敌的你会发现： 在找不同2中，两个图中内容的区别在于： POSCAR 的第6行在找不同3中，两个图中内容的区 ...

前面我们得到了不同吸附位点上吸附能的顺序，但结构是什么样子的呢？我们优化完的结果对不对？这还是一个问题。因此我们需要查看一下优化完的结果。 1 获取（下载）CONTCAR没有结构，我们看个屁啊？所以第一步就是把超算中心的计算结果下载到自己的电脑里面。这里我们说获取或者下载CONTCAR，而不是OUTCAR等其他VASP的输入文件，原因在于本人这边网速传输太慢了。所以我的策略是能量等信息在服务器里 ...

前面一节我们搭建好了p(3x3)-Cu(111)表面上不同吸附位点的O原子吸附模型。（fcc, hcp, top以及bri）也就是我们有了4个POSCAR。下面我们计算O原子在不同位点上的吸附能。根据吸附能的公式，我们还要有Cu(111) slab的能量。总共5个计算。O$_2$的前面已经算了，这里就不重复了。 强调一下吸附能的定义：就是物种吸附到表面上所放出的能量，放出能量意味着吸附能是负值。很 ...