Ex76 过渡态任务的检查（一）

前面我们介绍了怎么准备过渡态计算的INCAR，POSCAR，POTCAR和POTCAR，这一节理所当然，就是要提交任务了。过渡态计算的时候，和大多数的计算是一样的：检查输入文件，准备好脚本，敲命令提交任务。所以，我们就在这三个方面展开，具体讨论一下里面的细节部分，避免不必要的出错

2018-11-16

Ex08 氧原子能量的正确计算

本节提要前面的扩展练习中,要求大家结合自己的化学知识,判断计算结果是否正确。相比很多同学已经知道了氧原子含有磁性,我们在计算用需要考虑进去。在本节练习中,大师兄教给你如何分子氧原子在轨道中的占据情况,判断计算是否合理,并正确进行氧原子能量的计算。 氧原子轨道氧原子的电子构型是 $

2018-10-28

Ex06 VASP的输出文件（一）

上一节，我们在天河II号顺利提交了VASP的计算，并看到了一堆的输出文件。我们就从简单的开始，一步一步给大家介绍VASP的输出文件，以及里面的细节部分。由于大家还处在一个刚刚接触VASP的阶段。我们先根据目前的计算，挑容易的，重要的进行介绍。最简单的非CONTCAR莫属了。 CO

2018-10-27

Ex05 VASP任务的提交

前面我们已经准备好了VASP的四个输入文件，学习了一系列的批量操作，那么该如何让vasp 算起来呢？每个课题组都会有自己不同的任务提交系统，大家可以向自己的师兄师姐学习提交任务的方法。此外，超算中心也是大家经常接触到的，本节通过吕梁超算中心资源（天河二号）的计算平台，介绍下具体的

2018-10-26

Ex04 做计算常用的批量处理方法（六）

$\require{mediawiki-texvc}$ 前面我们对INCAR，KPOINTS进行了批量操作，这一节，我们介绍对输入文件进行批量操作的最后一部分：POSCAR。 在这里，大师兄需要指出的是，批量操作的方式有很多种，大家千万不要仅仅局限在本书的例子里面，自己主动去思考

2018-10-25

Ex04 做计算常用的批量处理方法（五）

前面2节，我们学习了使用sed命令结合for循环，来对INCAR进行批量操作。同样，我们也可以对KPOINTS文件进行类似的批处理操作。本节，我们借对KPOINTS文件的操作，一方面，学习几个小窍门，另一方面回顾上一节的学习内容以及KPOINTS文件。 KPOINTS文件前面我们

2018-10-24

Ex03 做计算常用的批量处理方法（四）

本节我们学习2个批量操作： 通过sed单个命令进行批量操作 以及sed + for循环的批量操作 1 sed 批量将0.01到0.09中所有INCAR中的0.01替换成0.05。到现在为止，相信大家都可以看懂下面的命令操作。就不再啰嗦解释了。有一点需要注意的是grep 命令

2018-10-23

Ex03 做计算常用的批量处理方法（三）

前面练习中我们在0.01的文件夹基础上，通过一个命令，复制得到了从0.02到0.09的文件夹。但是， 所有文件夹中的输入文件都是一样的，我们还需要把INCAR中的SIGMA参数值 SIGMA = 0.01 改成与文件夹对应的数值。 首先我们可以逐个进行编辑，但太浪费时间，这也不是

2018-10-22

Ex02 做计算常用的批量处理方法（二）

上一小节，我们学习了一些基本的linux操作，今天我们学习下文件以及文件夹的操作命令：mkdir, cp，mv以及一个简单的for循环。 文件（夹）的操作命令： 1 mkdir 是创建文件夹的一个命令，后面紧跟着你要创建的文件夹的名字。mkdir的使用，有很多敲门。大家可以百度关

2018-10-21

Ex02 做计算常用的批量处理方法（一）

回顾前面一节大家已经学习了怎么制作文本格式的输入文件。回顾一下我们所学的东西： VASP必须有的输入文件都有哪些？ INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR 这些文件用什么编辑器修改或者制作？ 文本内部格式都有哪些需要的注意事项？ 目前学到的INCAR中各个

2018-10-20

Ex1 VASP基本输入文件的准备（小结）

通过本节（Ex01）的学习，大家初步了解VASP四个主要输入文件的是怎么制作的，一些简单参数的含义，以及每个文件所对应的格式和细节。本节我们分成了很多小节，每节内容都很多，但对新手来说，信息量可能有些大。但不需要一次性全部掌握，因为在后面的学习中，我们会逐渐深入。自己在课题进行的

2018-10-19

Ex1 VASP基本输入文件的准备（POTCAR）

这一节，我们学习VASP计算中的赝势文件：POTCAR 简单说明如果组里安装了VASP，则在某个目录下，一定会有对应的一套对应的赝势文件，本书默认大家已经知道去哪里找，不讨论从哪里下载POTCAR（小窍门：一般各个VASP相关的QQ群中，都会有打包的POTCAR文件）。在该目录下

2018-10-18

Ex1 VASP基本输入文件的准备（POSCAR）

$\require{mediawiki-texvc}$ 这一节，我们学习VASP计算中模型的文件：POSCAR 简单说明POSCAR 里面包含了你要进行计算的模型结构信息。也就是你要研究的对象。POSCAR有自己固定的格式，每一行都有特定的含义，认真掌握这些，对于搭建模型非常有帮

2018-10-17

Ex1 VASP基本输入文件的准备（KPOINTS）

上一节，我们学习了INCAR的简单准备工作。这一节，我们学习另外一个输入文件的写法：KPOINTS 简单说明KPOINTS文件在计算中的作用，一方面决定了计算的精度，同时也影响计算所需要的时间。精度高，时间长，精度低，时间短。所以：合理设置KPOINTS文件，可以保证我们使用最少

2018-10-16

Ex1 VASP基本输入文件的准备（INCAR）

这一节，我们主要通过VASP官网中O原子的计算实例，来学习INCAR的文件准备工作。记住前面我们说的话，INCAR是纯文本。Windows用户，不要用记事本或者写字板打开。推荐使用Notepad++。 简单说明INCAR主要是告诉VASP我们要算什么以及计算的细节，INCAR准备

2018-10-15

Ex1 VASP基本输入文件的准备（一）

基本的输入文件，指的是VASP计算必不可少的输入文件，对新手来说先记住这四个：INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR。这几个不懂，不要紧，后面我们会结合例子，慢慢介绍这几个文件的准备工作。 基本概念准备输入文件， 脑子里要有下面几个概念: Rubbish in，

2018-10-14

Ex0 学习前的准备工作（三）

继续前面的介绍。 服务器相关1) 知道怎么连接自己组内或者租赁的服务器;2) 初步学习使用基本的linux命令: 进入目录 : cd 移动文件(夹): mv 复制文件: cp 复制文件夹用: cp -r ; 注意 cp 和 -r 之间有个或者N个空格 创建文件夹:mkd

2018-10-13

Ex0 学习前的准备工作（二）

继续前面的介绍。 文本编辑工具1）vim这个必须要学会，linux下面自带。原因是绝大多数的计算都是在linux下面进行的，学会vim的基本操作可以极大提高你的文字处理能力和工作效率。 2) notepad++ 这个是对于Windows用户来说的，要求会创建文件,输入内容并保存文

2018-10-12

Ex0 学习前的准备工作（一）

在学习本书时,大师兄们会默认读者掌握了一些基本的电脑操作技能,以及化学的基本常识。本章列举出一些常用的计算工具和软件,以及假设大家掌握的一些技能。如果没有达到基本的要求,那么请在学习前面几章的同时,抓紧提升自己的能力。 化学的基本知识如果没有掌握,不建议学习本书。 心态1） 主

2018-10-11

Learn VASP The Hard Way (序言)

大师兄网站不能登录的这几天时间，经过一番思考，下定决心给大家一个界面更简洁，阅读体验更好，内容更丰富的大师兄网。虽然感觉时间上压力很大，但得到了很多筒子们的支持和帮助，这给了我继续写下去的动力。当然，最重要的还是老婆的支持。在这里，向她（他）们表示深深的感谢。 为什么写本书?使用

2018-10-10

图片添加测试

如何在不使用外部图床的情况下插入图片等资源文件? 在hexo根目录执行 hexo new 'article-name' ; cd source/_posts 就可以看到生成了 article-name.md 和 article-name 文件夹 将资源文件放入 a

2018-09-17

LaTeX 支持测试页面

这是一个 Jacman 主题对 $\LaTeX$ 支持测试页面只需要在文章开头的 front-matter 部分加入 mathjax: true 即可开启 $\LaTeX$ 支持. 然后就可以愉快地使用 $\LaTeX$ 玩耍了~ $$F = ma$$ $$i\hbar\frac

2018-09-12