本节主要给大家介绍一下中间体计算的具体流程。（预览版，后面可能会添加一些操作的部分） 计算中间体前的准备： 1）催化剂表面模型的结构以及性质自己多多了解；表面原子排列，谁带正电荷，谁带负电荷，原子间距等等，这些基本的东西自己心里要有数；没事可以整理到表格或者ppt里面，方便以后写文章用； 2） 表面上可能发生的反应路径，各个基元反应，自己列举出来，整理归类方便以后分析。 3）反应路径中各种可能分子 ...

上一节我们简单介绍了一下搬砖的原则性问题。这一节，我们主要分析下搬什么砖的问题。继续采用甲醇在金属表面上分解的这个例子。物化书中我们学过表面反应的基本步骤： 1）反应物分子的吸附；2）表面反应； 3） 产物脱附。 甲醇分解反应第一步是先从气相吸附到催化剂金属表面。 对于这一步， 我们自然需要从甲醇的气相分子出发，研究甲醇分子在表面上的吸附结构。其中涉及到一些基本的计算细节： 1） 如何优化气相分子 ...

在线弹性理论中，体系被施加一个无穷小的应变，从而体系应变后的能量可以以小应变为自变量泰勒展开，并忽略二阶导以上的高阶项。通过对不同特定的独立的应变模式求解能量应变方程或者应力应变方程，我们可以获得材料所有的二阶弹性常数（SOECs）。SOECs反映了体系的简谐弹性特征。通过SOECs，一方面我们可以获得体系的基于Vogit-Reuss-Hill平均的多晶力学性能，包括杨氏模量，剪切模量，体积模量， ...

在上文中，我们介绍了用于解释Hall Petch关系的位错阻塞模型和晶界位错源模型。两种理论都是较为早期出现的模型，原理上相对简单，因此文章中仔细介绍了相对应的推导过程。本文将继续介绍剩下的相关模型，由于推理过程相对复杂，读者如果对具体推导过程有兴趣可以阅读对应参考文献。 上文介绍的两种模型都未在公式中直接体现材料变形中塑性应变对Hall Petch系数的影响。因此，位错阻塞模型和晶界位错源模型仅 ...

Hall Petch关系是材料学中描述多晶材料最为重要的一个相关关系，它反映了材料强度与晶粒的尺寸的开方成反比。同时材料在极小晶粒尺寸下表现出的反常Hall Petch 关系也一度成为材料学家的研究热点。关于反常Hall Petch关系的研究发现屡现于高水平期刊，本文将不做更多介绍。从Hall Petch关系的第一次报导开始，已经有大量的文章针对各种材料体系（纯金属，金属间化合物，多相合金等等）进 ...

基于DFT+U研究应力调控CeO2(111)催化分解水制氢的活性 研究背景 氢能清洁无污染，是最具潜力的能量载体。使用太阳能、风能和水能转换得到的清洁电能电解水制氢是人来未来最具发展潜力的、可持续的、绿色环保的制氢技术。传统低温碱性电解水制氢技术的效率受限于液体电解质较低的传质过程和氧电极较慢的反应动力。相比于液体传质技术，新兴发展的高温固体燃料电池 (SOEC)技术以固体作为传质媒介，充分利用 ...

理论模拟导向的催化剂理性高效设计策略用于醇的选择性胺化 第一作者：王涛 通讯作者：Philippe Sautet 研究背景 胺是工业上生产药物、农用化学品、生物活性剂、聚合物和染料的重要中间体化合物，其中伯胺是衍生化反应的关键试剂。传统合成胺的方法包括氨与烷基卤的直接反应，或通过还原硝基络合物和腈，但是这些工艺的缺陷在于产生有害的副产物、废弃物并消耗大量氢气。而利用氨气通过借氢反应机理直接胺化脂 ...

工作简介 上海交通大学密西根学院朱虹老师课题组诚聘博士后 1~2 名，负责或协助团队进行金属合金体系的腐蚀性能的理论预测和腐蚀机理的研究，将与腐蚀实验团队以及世界各地的材料基因组计算研究团队开展紧密合作 (UC Berkeley, University of Michigan, UC San Diego, Georgia Tech, University of Maryland, etc)，并在 ...

硕博（后）招聘：美国马萨诸塞大学洛厄尔分校车芳琳课题组 （University of Massachusetts Lowell） 课题组简介 车芳琳老师课题组刚刚成立，主要研究催化以及材料科学方面的多尺度理论模拟，在多尺度范围内（从原子到反应器尺度）研究燃料电池，电催化及新型能源、光催化相关的催化剂性质，反应机理，动力学等。研究的相关课题有：轻质烷烃的活化，CO2电催化，多相催化的线性关系以及微 ...

Python现在越来越流行，连微信朋友圈都开始推广一些python培训课程广告了：俩美女一起上班，一个瞬间完成工作，另一个一脸懵逼地问道你咋这么快就干完活啦？另一个回答道：因为我学习了Python啊。是的，Python确实有这些神奇的功效，但在网络这么发达的时代，想学习python的途径有很多，参加什么割韭菜的培训班啦，找个计算机学院的男女朋友啦，向师兄师姐学习啦，自己学习琢磨啦等等。 学习P ...

我们计算的时候，经常会遇到扩胞的需求。比如，我们要优化（4x4）的Ag(111)的一个slab。直接切一个slab拿来优化，可能会比较耗时。另一个办法就是我们先优化一个（1x1)的Ag(111)的slab，然后在将优化完的结构扩成（4x4)的，最后再优化。这样能有效地减少工作量。 扩胞的话，有很多工具可以选择，MS, P4vasp,等等可视化的软件，用鼠标点点就OK了。也可以使用一些现成的脚本，小 ...

汇集本人日常学习中的一些数据库，个人感觉不错的网站。也会不断地更新完善。如果你有好的数据库，链接，推荐的书籍，也欢迎发邮件至lqcata@gmail.com留言帮助我们更新。 结构查找The Materials Project https://www.materialsproject.org/ 使用方法： 1） 点击右上方：Login 2） 点击： Sign in with your ema ...

前面我们介绍完了算表面吸附，以及过渡态的一些基本的操作，和注意事项。当我们面对一个新的课题时，就需要运用所学到的这些技能来完成所必需的计算，来验证我们的想法，思路等。后面几节，主要参考本人2014年发表的一篇关于甲醇分解反应计算的文章来介绍一下怎么运用所学习到的这些本领。（https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cs501698w） 搬砖这个词用来形容我们完成一个 ...

伴随着Python2的落幕，Python3的兴起，很多基于2的软件也面临着着要么被遗忘，要么主动拥抱Python3的选择。其中就有我们最喜欢的p4vasp。https://github.com/orest-d/p4vasp 或者www.p4vasp.at。本人不认识作者，也不知道啥时候出新的版本。使用p4vasp需要有python2，但其他软件又需要python3。为此我们不得不做出一些选择， 最 ...

前面一节，我们讲解了对于扩散这一类反应中，nebmake.pl这个命令生成IMAGES时候的一个坑。通过学习，要了解到一些脚本或者程序本身存在一些缺陷，我们在使用的时候，要避免盲目相信，直接把脚本的结构直接拿来用。总之，原则就是尽可能获取一些具有明确物理化学意义的，比较理想的初始构型。本节，讲解一下旋转过程中，nebmake.pl的坑。这里与其说是坑，不如说是nebmake.pl不适用的情况。因为 ...

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最近整理材料，发现遗落在角落里的一个python脚本（cssm.py），可以批量切常见金属稳定表面的slab模型。 cssm.py 是：cleave_stable_surfaces_from_metals的缩写。废话不多说，下面的是在天河II上运行的实例。

被批评公众号长草了，简单介绍一下ASE转换文件的小技巧，顺便锄下草。顺利学会下面操作的前提: 1) 已经在自己电脑上安装好了ASE。 2) 电脑里面有POSCARtoolkit.py脚本。见（https://www.bigbrosci.com/2018/11/11/ex73/） 终端操作下面是终端里面转换格式的懒人命令： 1ase gui file_from -o POSCAR 1 ase g ...

算过渡态，光知道检查虚频是不对的。如果算出来虚频多，很大程度是因为你的NEB初始结构有问题，也就是说你的过渡态路径背后的物理化学意义不是那么地理想。而对于NEB的初始结构，大部分人都是通过VTST的nebmake.pl脚本来实现的。 1nebmake.pl IS FS 8 分析上面这个命令：有4个关键的信息: 脚本：nebmake.pl 初始结构: IS 末态结构: FS 插的点数：8 本节默 ...

前面几节，我们从gamma点到3x3x1计算过渡态。首先复习一下计算的流程： 1） 我们计算的是金属表面上H原子的扩散； 2） 使用gamma点计算的时候，slab固定住了； 3）gamma点计算结束后，检查结果： 看到有一个漂亮的NEB图； 能量变化也是稳稳妥妥滴； 结构查看也没啥异常情况； 4） 在确认第3)步检查OK之后，将gamma点的计算备份；增大K点至3x3x1继续算。 5）计算结 ...

什么是ASE？ASE 是Atomic Simulation Environment的简称。详细的介绍大家可以浏览官网：https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/about.html。ASE是一个基于python的程序库，可以做的事情很多，不同程序任务的设置，结构的搭建，结构分析都可以做。 为什么用ASE？ ASE里面包含了很多的功能，其中个人认为最为方便地就是计算模型不同文件类型 ...