最近整理材料，发现遗落在角落里的一个python脚本（cssm.py），可以批量切常见金属稳定表面的slab模型。 cssm.py 是：cleave_stable_surfaces_from_metals的缩写。废话不多说，下面的是在天河II上运行的实例。 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233iciq-lq@ln3:/T ...

被批评公众号长草了，简单介绍一下ASE转换文件的小技巧，顺便锄下草。顺利学会下面操作的前提: 1) 已经在自己电脑上安装好了ASE。 2) 电脑里面有POSCARtoolkit.py脚本。见（https://www.bigbrosci.com/2018/11/11/ex73/） 终端操作下面是终端里面转换格式的懒人命令： 1ase gui file_from -o POSCAR 1 ase g ...

算过渡态，光知道检查虚频是不对的。如果算出来虚频多，很大程度是因为你的NEB初始结构有问题，也就是说你的过渡态路径背后的物理化学意义不是那么地理想。而对于NEB的初始结构，大部分人都是通过VTST的nebmake.pl脚本来实现的。 1nebmake.pl IS FS 8 分析上面这个命令：有4个关键的信息: 脚本：nebmake.pl 初始结构: IS 末态结构: FS 插的点数：8 本节默 ...

前面几节，我们从gamma点到3x3x1计算过渡态。首先复习一下计算的流程： 1） 我们计算的是金属表面上H原子的扩散； 2） 使用gamma点计算的时候，slab固定住了； 3）gamma点计算结束后，检查结果： 看到有一个漂亮的NEB图； 能量变化也是稳稳妥妥滴； 结构查看也没啥异常情况； 4） 在确认第3)步检查OK之后，将gamma点的计算备份；增大K点至3x3x1继续算。 5）计算结 ...

什么是ASE？ASE 是Atomic Simulation Environment的简称。详细的介绍大家可以浏览官网：https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/about.html。ASE是一个基于python的程序库，可以做的事情很多，不同程序任务的设置，结构的搭建，结构分析都可以做。 为什么用ASE？ ASE里面包含了很多的功能，其中个人认为最为方便地就是计算模型不同文件类型 ...

前面一节我们通过粗糙的方法演示了一遍怎么在超算上跑过渡态的NEB计算。一般来说，通过这一步我们可以大体上确定这个基元反应中的路径是不是靠谱的了。不论你得到一个粗糙的NEB能量曲线： 亦或者一个比较精细的： 这都表明，你快要得到这个过渡态结构了。在进行后面操作讲解之前，我们先做2个事情： 1） 由于本人也是老司机了，算过渡态的时候遇到的那些零零碎碎的问题一时也很难记起来，如果你正在算过渡态，并且遇 ...

通过job-ID快速进入计算目录，可以有效地避免狂输cd命令，提高我们的计算效率。本节我们通过在国科智算超算中心的演示，介绍一个Slurm任务管理系统，保存任务ID，计算目录，并快速根据ID进入计算目录的方法。 核心思想：有很多种方法可以实现：通过Job-ID进入计算目录的办法。这里只介绍本节的思路。 通过squeue 命令获取用户所有的任务的ID； 通过scontrol 命令获取所有ID对应的 ...

国科智算提交VASP任务今天QQ群里，有人问怎么在国科智算的超算中心提交VASP的任务。本着一言不合就写教程的态度，这一节我们就看下VASP的任务是怎么提交的。提交任务的脚本见群文件：vasp_qiangli.sh。下载后重命名成vasp.sh即可。想试用的，购买机时的可以加QQ群：608307988咨询一下。 Slurm国科智算上系统采用的是slurm 任务调度工具。Simple Linux U ...

前面的准备工作完成了，INCAR，KPOINTS，POSCAR（IMAGES）， POTCAR也检查完了。剩下的就是准备脚本提交文件了。本节主要是在天河II号超算中心上给大家简单示范一下： 1）准备脚本，提交任务； 2）过渡态任务运行时候的查看； 3） VTST脚本nebresults.pl的安装和使用。 提交任务首先通过命令操作，熟悉下天河II号超算中心提交NEB计算的流程。 1234567 ...

前面一节，我们提到说，在Ubuntu或者其他Linux系统下面，可以使用p4vasp或者ASE将结构批量打开，查看我们初步设置的NEB路径是否合理。但是在Windows系统下，我们不方便使用命令进行查看。这里介绍一下在Windows下面通过VASPkit结合VMD查看NEB路径结构的方法。 软件的获取： VASPkit程序的下载 链接：https://sourceforge.net/project ...

前面我们介绍了怎么准备过渡态计算的INCAR，POSCAR，POTCAR和POTCAR，这一节理所当然，就是要提交任务了。过渡态计算的时候，和大多数的计算是一样的：检查输入文件，准备好脚本，敲命令提交任务。所以，我们就在这三个方面展开，具体讨论一下里面的细节部分，避免不必要的出错，提高计算的成功率和效率。 心态算过渡态的时候，要把自己想象成一个整装待命的狙击手，要熟悉自己的枪（VASP），周围的环 ...

过渡态计算INCAR的设置vasp的过渡态任务所需要的五个文件：INCAR, KPOINTS, POSCAR, POTCAR以及脚本。我们已经学习了三个，还差INCAR和脚本，这一节，我们主要介绍INCAR中参数的设置。很多读者都没有接触过渡态的计算，总是幻想着过渡态是如何地高大上，令人可望而不可即。其实很简单，记住前面我们说的那句话，过渡态的计算无非就是优化一个特殊的结构而已。既然是优化结构，那 ...

前面2节我们讲了如何通过vtst的脚本进行插点,得到过渡态计算中特定数目的images，以及一个非常实用的小脚本来固定slab模型中底层的原子。本节我们就准备一下过渡态计算中：POSCAR、KPOINTS和POTCAR文件的准备工作。 关于Images前面我们插了8个点，得到10个文件夹，分别为00， 01， 02，….09 细心的你会发现，每个文件夹中都会有一个POSCAR文件。00 中的POS ...

在学习下面neb的计算前，思考了很久，感觉有必要先给大家介绍一个非常实用的python小脚本，经历过反复的修改，最终在群友小塔玛斯的努力下，完成了一个稳定的过渡态计算中非常实用小脚本：POSCARtoolkit.py 本节我们介绍一下这个脚本的具体使用方法。 版本和版权问题：版本： 这个脚本有2个版本，分别适用于python3和python2的2.6及以上版本。 大家根据自己使用的python版本 ...

不好意思，让大家久等了。最近一直很忙，后面还是会很忙。为了不让大家失望，抽时间把简单的过渡态计算讲解一下，这一节我们需要学习的是通过CI-NEB（Climbing Image Nudged Elastic Band）计算H原子在Ru(0001)表面上的扩散过程。 NEB计算过渡态的准备工作准备工作1： 说到NEB或者CINEB，不得不提的就是Henkelman课题组的VTST：http://he ...

前面一节我们讲了直接优化NH3翻转的过渡态。这一节我们继续直接优化过渡态的介绍。计算乙烷分子（CH3CH3）绕C—C键旋转的过渡态。我们知道：乙烷有交错式和重叠式构型。而重叠式能量较高。想象乙烷分子绕着C—C旋转，从交错式到重叠式，再到交错式这一个过程。很容易就得到这个结论：重叠式的结构就是过渡态。所以，如果计算这个过渡态的工作就转化成了优化重叠式的构型。这也是本节的一个主要思想。 手动搭建初始 ...

从本节起，我们开始学习下过渡态相关的计算。在进行下面的讲解之前，大家务必要记住这两点： 1） 过渡态只是一个结构而已，过渡态的计算并不是你想象的那么神秘；也就是计算很容易。 2）物理化学，结构化学书中的过渡态相关的基本知识要掌握，也就是你的理论基础要扎实。感觉基础不好的，认真看书。 过渡态计算的例子我们遵循一个从简单到复杂的顺序，慢慢介绍一下表面化学中过渡态的一般计算思路和方法。简单的例子 ...

上一节我们知道怎么获取气相分子的熵以及吉布斯自由能的计算。这一节，我们简单介绍一下表面吸附分子熵的计算。 复习基础知识首先我们应该要知道对一个体系来说，都有哪几部分对熵有贡献。一般熵通过统计热力学计算分子的配分函数来获取：主要有平动，转动，振动，电子以及核这5部分。参考下面的这个链接： http://210.45.168.34:8080/elite/wlhx/jiaocai/C_05.htm 或者 ...

前面几节，我们讲解完成了表面上吸附的计算细节。学习到现在，表面吸附的具体流程，如何简化计算，如何判断优化的结构正确与否，这些都是你应该掌握，并且时刻保持思考的事情。尤其是计算存在N种可能性的时候。当你优化出来最稳定的结构，一定要认真琢磨一番，为什么这个结构比其他的构型稳定？是什么因素导致了这个结构最稳定？ 从本人多年老司机的经验，简单来说：最稳定的结构从骨子里都透着美的气质，也就是比其他结构看起来 ...

前面我们搭建了十二个H$_2$O的初始吸附构型。为了获取最稳定的结构，我们需要将这些可能的结构都优化一遍，然后通过吸附能来判断。但是这12个结构，我们都要优化的话，需要很多的机时，尤其是对于那些不太富裕的课题组来说，计算量着实不小。那么我们应该怎么办呢？ 回顾： 1）前面几节我们讲的通过简化模型来加快计算的步骤 2）谁偷了我的机时系列。 这里我们可以选择的办法有N个：主要是这两个：1） 减小 ...