Ubuntu常用软件的安装

前面一节我们介绍了Ubuntu虚拟机的安装,今天就介绍一些Ubuntu常用软件的软装。大部分极其简单,敲个命令,输入下密码就能解决。少部分非常简单,设置下环境变量就可以解决。有些安装比较蛋疼的可以借助第三方平台比如Anaconda等来安装,也可以归纳到非常简单的行列中。所以,So easy!!!

1 第一件事:

打开终端(CONTROL + ALT + T),创建~/bin 文件夹。

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qli@bigbrosci:~$ mkdir ~/bin

这个文件夹用于存储一些日常的脚本文件,可执行的小程序。 平时勤备份也不会占用太大空间。

2 命令安装程序

复制下面的sudo apt-get命令,输入到Terminal中,回车,输入密码即可。

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sudo apt-get update
sudo apt-get install python3-pip
sudo apt-get install curl
curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py --output get-pip.py
sudo python get-pip.py

sudo apt-get install vim
sudo apt-get install vim-gtk
sudo apt-get install sshfs
sudo apt-get install rename
sudo apt-get install xclip
sudo apt-get install git
sudo apt-get install gnuplot
sudo apt-get install xcrysden
sudo apt-get tree
sudo apt-get install inkscape

sudo apt-get install fish
sudo apt-get install tmux
sudo apt-get install texlive-full
sudo apt-get install kile

pip 用来安装python程序;

vim就不介绍了;

sshfs 用来把服务器挂载到本地电脑,方便传输数据;

rename 可以很方便批量命名;

xclip 可以把命令的输出复制到剪切板里面,方便鼠标粘贴;

git 用来从git-hub下载,上传,管理一些脚本程序等,

gnuplot 画图用的

xcrysden 可视化软件

tree 方便显示文件目录

inkscape 一款非常好用的做图软件

fish,tmux 装逼效果明显,没对象的重点关注下,好好学习一番,当然功能没的说,很强大。

Latex 写文章的可以使用最后两个命令安装。

其他的暂时也想不起来,如果你有推荐的,可以发邮件给我,后面再添上去。(lqcata@gmail.com

3 安装Anaconda

它可以帮助你节省很多时间和精力去安装软件。下载后,按照下面命令,然后一路狂摁回车或者输入yes即可,官网也有安装教程,这里就不累赘了。通过Anaconda安装其他软件,可以参考前面的教程:https://www.bigbrosci.com/2020/09/19/A20/

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qli@bigbrosci:~/Downloads$ ls
Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh p4vasp-0.3.30.tgz
qli@bigbrosci:~/Downloads$ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
Welcome to Anaconda3 2020.07

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue

>>>

Anaconda安装的软件可以通过https://anaconda.org 来查询,都会列出来安装的命令,比如RDkit:

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conda install -c rdkit rdkit

另一个需要注意的是,Anaconda安装后,最喜爱的p4vasp不能正常使用了。解决办法如下:

1) 找到p4v的目录,一般在/usr/bin/

2)将p4v中的python 全部改为python2

3) 将p4v.py 第一行中的python改为python2

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(base) qli@bigbrosci:~$ p4v 
File "/usr/bin/p4v.py", line 9
print """You need to get version 2.0 (or later) of PyGTK for this to work. You
can get source code from http://www.pygtk.org """
^
SyntaxError: invalid syntax
(base) qli@bigbrosci:~$ which p4v
/usr/bin/p4v
(base) qli@bigbrosci:~$ sudo vi /usr/bin/p4v
[sudo] password for qli:
(base) qli@bigbrosci:~$ sudo vi /usr/bin/p4v.py
(base) qli@bigbrosci:~$ grep python /usr/bin/p4v
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/lib/python2.7/dist-packages
exec python2 /usr/bin/p4v.py "$@"
(base) qli@bigbrosci:~$ grep python /usr/bin/p4v.py
#!/usr/bin/env python2
4 其他可执行的程序

这里我们以VESTA为例,这种方法非常简单实用。

4.1) 下载解压VESTA程序包。(https://jp-minerals.org/vesta/en/) 直接通过官网下载即可,没必要去群里面求助,也没必要往群里面上传。

4.2) 本人习惯性地将其解压到/home/qli/Documents/VESTA-gtk3

4.3) 设置环境变量,将下面的export 两行复制到~/.bashrc 文件中, source.bashrc 文件,然后直接敲命令VESTA即可打开可视化界面。

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qli@bigbrosci:~/Documents/VESTA-gtk3$ ls
asfdc Library_License RIETAN.sh style VESTA-core
bvparm2016.cif libVESTA.so spgra.dat style.ini VESTA_def.ini
elements LICENSE spgro.dat template.ins VESTA-gui
elements.ini mspgr.dat STRUCTURE_TIDY tmp VESTA.ini
img PowderPlot STRUCTURE_TIDY.sh VESTA wyckoff.dat
qli@bigbrosci:~/Documents/VESTA-gtk3$ pwd
/home/qli/Documents/VESTA-gtk3
qli@bigbrosci:~/Documents/VESTA-gtk3$ cd
qli@bigbrosci:~$ vi .bashrc
export VESTA='/home/qli/Documents/VESTA-gtk3'
export PATH=$PATH:$VESTA
qli@bigbrosci:~$ source .bashrc
qli@bigbrosci:~$ VESTA

注意 上面VESTA的路径记得换成你自己电脑里面的。

5 Ubuntu的备份

本人喜欢瞎折腾,也经常会把电脑搞崩溃,备份就显得尤其重要。对于Ubuntu来说,前面我们在虚拟机的安装中提到存储Ubuntu系统的vdi文件,如果你有足够大的硬盘,可以定期将一个稳定版本的vdi保存起来,万一系统崩溃,删掉坏的,导入最新的备份即可。

如果没有用虚拟机,直接装的Ubuntu系统,或者双系统,可以尝试定期保存~/bin~/.bashrc 文件,本人之前就是这样做的(现在懒得折腾,系统不坏了),它们不怎么占空间,打包压缩下,邮件基本就可以上传。如果系统坏掉了,非得安装一个新的才能解决的时候,只需要重复本教程,下载一些常用的软件,以及用备份的~/bin~/.bashrc 文件还原一下设置即可。数据一般来说都直接存储在服务器中,相关备份不在本教程讨论范围之内。

当然还有其他的办法备份和恢复虚拟机,比如创建当前Ubuntu版本的iso文件,定期备份当前整个系统以便引导修复等等,精力有限,不再累赘。有兴趣的可以尝试。

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