Ex1.8 VASP的编译

VASP的编译，对于初入门的新手来说，有些难度，但是这也是学习VSASP最关键的一个准备，毕竟没有安装VASP，没有办法进行实际操作。下面是针对新手菜鸟的一个建议： 1）本章节不要求学习，但是为了获得一个编译好的VASP, 可以先去购买一些超算中心的机时，毕竟超算中心的IT support技术能力强，有大量的VASP编译经验，可以在短时间帮你安排好一切。 2) 对于自己课题组的服务器，尽量去寻求服务器供应商的工程师帮忙； 3）在能保证运行VASP的基础上，等对Linux系统熟悉了，再返回本章节，在自己的服务器上编译练习。若1)和2）解决了，自己对这个没什么兴趣，可以不看。

本节简单介绍如果编译基础款的VASP。这里说的基础款指的是直接安装从官网下载的VASP版本。我们在计算中，常常根据自己的计算需求来选择不同的版本，比如加了溶剂化效应的，考虑VTST计算过渡态的，计算Wannier90的，亦或者是只优化xy轴的版本等等。它们都是在VASP官网的版本上修改代码，重新编译的。原理上来说，只要官网的版本可以顺利编译，其他版本的编译也只是一个时间问题，后面随着练习内容进行介绍。

我们简单理一下编译的思路，其实主要有以下四方面：

  • 编译前的准备工作（一）

    • 浏览官网：https://www.vasp.at/wiki/index.php/Installing_VASP.6.X.X 我们从官网描述的的:Requirements可以发现发现，不管是Compiler, Numberical Libraries, 还是MPI，它们都有一个共同的要求，就是intel-opneapi。 Intel OneAPI 是Intel推出的一套统一的编程模型和开发工具，旨在简化不同硬件平台（如 CPU、GPU、FPGA 等）上的开发工作。它是一款免费，功能强大，且全面的软件包，有兴趣的可以去官网看看相关介绍。
    • 因为编译 VASP 需要用 Math Kernel Library 和 MPI Library，我们需要下载 Base toolkit 和 HPC toolkit 。下载连接如下：

https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/toolkits.html#hpc-kit

  • 也可以通过命令下载以及安装，具体参考下载网页中Command-Line Installation Instructions的描述。 
qli@bigbro$ ls
l_BaseKit_p_20XXX_offline.sh  l_HPCKit_p_XXX_offline.sh
qli@bigbro$ sh l_BaseKit_p_20XXX_offline.sh  
qli@bigbro$ sh l_HPCKit_p_XXX_offline.sh

运行上面命令首先会解压安装包。注意的有下面三点：

  • 下载完成后进行安装,注意顺序：先安装 Base toolkit，然后是HPCkit。

  • 解压结束后，如果是用 xshell 远程登陆的话，会问要不要run X11图形界面。大家有图形界面的话就用，没有的话就选择No。其他的按照流程一步一步来即可。

  • 安装 Base toolkit 的时候，大家可以选择 Accept & Customize 取消安装 Python 解释器，从而节省时间。 HPC toolkit 不需要自己customize。

设置 Intel OneAPI 环境变量

设置 Intel OneAPI 环境变量需要用到 /home/xxx/intel/oneapi/setvars.sh 文件。大家把 source /home/xxx/intel/oneapi/setvars.sh 添加到 ~/.bashrc 文件中即可。xxx 为username。比如用户名为bigbro:

echo 'source /home/bigbro/intel/oneapi/setvars.sh' >> ~/.bashrc
  • 编译前的准备工作（二）

另一个准备就是下载VASP的安装包了。这个自己去VASP portal下载（如果有账户的话），没有账户，在群里发个红包求助下，大家也愿意帮忙。

  • 编译VASP（三）

需要注意的是：OneAPI 2024.0 以及之后的版本中，ICC 已经被替换成了ICX : Intel® C++ Compiler Classic (icc) is deprecated and was discontinued in the oneAPI 2024.0 release. 相应的，我们在编译前，要将makefile.include 中的icc和icpc 需要换成 icx 和 icpx （在第六行的操作中将第1，2行更新到makefile.include文件）; 然后静待安装成功即可。

1 CC_LIB      = icx
2 CXX_PARS    = icpx
3 tar zvxf vasp.5.4.4.tar.gz
4 cd vasp.5.4.4/
5 cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
6 vi makefile.include
7 make all

注意事项：

  • 安装 Base toolkit 的时候，大家可以选择 Accept & Customize 取消安装 Python 解释器，从而节省时间。
  • OneAPI 2024.0以及之后版本中ICC被替换成了ICX, makefile.include需要相应的改变。

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