常用的数据库总结

img

汇集本人日常学习中的一些数据库,个人感觉不错的网站。也会不断地更新完善。如果你有好的数据库,链接,推荐的书籍,也欢迎发邮件至lqcata@gmail.com留言帮助我们更新。

结构查找

The Materials Project

https://www.materialsproject.org/

使用方法:

1) 点击右上方:Login

2) 点击: Sign in with your email address

3) 输入自己的邮箱,然后点击:send login link

4) 打开邮箱,点击链接,即可查询数据库。

ioChem-BD

http://www.iochem-bd.org/

本人老板和其他几个老板一起做的数据库,涵盖VASP,高斯等主流程序,可以上传结果。数据库依托于巴塞罗那超算中心。本人博士,博后的所有工作都在这个数据库中。

ChemSpider

http://www.chemspider.com/ RSC旗下的一个数据库,非常方便查找下载结构。

Pubchem

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

ICSD 数据库

http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html , 需要账号密码

CCDC: The Cambridge Crystallographic Data Centre

https://www.ccdc.cam.ac.uk/

cccbdb 数据库

https://cccbdb.nist.gov

团簇数据库:

http://www-wales.ch.cam.ac.uk/~wales/CCD/CoCCD/cobalt.html

可能有些老了。

https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/33449-cluster-generator

Wulffman

https://www.ctcms.nist.gov/wulffman/

XPS

https://xpssimplified.com/

Cn Fullerenes

http://www.nanotube.msu.edu/fullerene/fullerene-isomers.html

热力学数据

NIST 数据库: https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html

CRC Handbook of physical chemistry : http://hbcponline.com/faces/contents/ContentsSearch.xhtml 查找热力学参数,晶格常数,entropy等等。

http://www2.ucdsb.on.ca/tiss/stretton/database/inorganic_thermo.htm 无机化合物的物理和热力学相关数据

http://www.knowledgedoor.com/2/elements_handbook/cohesive_energy.html 结合能

http://www.surface-tension.de/ 表面张力

http://www.wiredchemist.com/chemistry/data/thermodynamic-data

https://atct.anl.gov/

物理常数

https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html

http://wild.life.nctu.edu.tw/class/common/energy-unit-conv-table.html

http://halas.rice.edu/conversions

书籍文献下载:

google和google scholar:科学上网。

http://gen.lib.rus.ec/ 下载书籍

资源丰富,但不要贪多,更不要下一堆放到自己电脑里占地方。找几本好书,认真静下心来好好学习。

http://www.expaper.cn/ 科研速递论坛, 求助文献,书籍,成功率极高。

sci-hub 系列,现在网上各种域名,插件,桌面版的都有,我就不瞎凑热闹了。

5000人QQ群: 157099073 汇聚大家的力量,解决每一篇小文献的困难。

书籍和文献下载的原则,宁缺毋滥,认真阅读每一篇下载的文献,对自己的时间负责。别图多。

VASP 相关

VASP官网

http://www.vasp.at/, VASP最权威,最专业的学习资料都在这里面了。英文刚开始看起来有点不适应,坚持下去,慢慢就好了。不建议看除官网以外的那些乱七八糟的说明(包括我自己写的教程)

VASP 教程视频

http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/, A 3-day VASP Workshop at NERSC: VASP 开发者(长发大胡子那哥们)做的workshop, youtube 有视频。链接:https://www.youtube.com/playlist?list=PL20S5EeApOSumWZkzsaYxAvozjvFZ3ks4

VASP官方论坛

https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/

VASP官方论坛,需要注册才可以提问,但一般来说你的问题已经有人提问过了,直接复制到google里面,基本都会显示该论坛的链接。可以不保存。

Henkelman 课题组

http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/, 大量VASP相关的脚本,VTST计算过渡态,bader电荷分析,CHGCAR处理脚本等,向Henkelman致以崇高的敬意。

ASE: Atomic Simulation Environment: https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/, 适合催化计算相关

Pymatgenhttp://pymatgen.org/, 适合材料计算的

K-pathhttps://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath

能带Kpath选择的网站,上传自己的结构,便可以得到建议的路径。

Chemml: https://hachmannlab.github.io/chemml/

p4vasphttp://www.p4vasp.at/

RDkithttps://www.rdkit.org/

VASPkithttps://sourceforge.net/projects/vaspkit/files/ 来自中国的良心软件, VASP计算前后处理,功能强大,使用简单,老少皆宜。

VESTA http://jp-minerals.org/vesta/en/ 来自日本的良心软件

Xcrysdenhttp://www.xcrysden.org/, 用于批量做图,选择K-path做能带图,等。

Openbabelhttp://openbabel.org/wiki/Main_Page 强大的格式转换工具,它说第二,没人敢说第一。

RDkit:化学信息学重要的开源包。

程序软件相关:

Bash :http://tldp.org/HOWTO/Bash-Prog-Intro-HOWTO.html

https://learnpythonthehardway.org/

https://www.liaoxuefeng.com, 廖雪峰的网站,英文不想读的话,可以到这里学习。

https://matplotlib.org/ 用python画图

https://www.scipy.org/ python 科学运算相关的库

https://stackoverflow.com/ 一般谷歌搜索遇到出现的程序问题,都可以在这里找到答案。

https://www.geeksforgeeks.org

https://stackoverflow.com/ 一般谷歌搜索遇到出现的程序问题,都可以在这里找到答案。

大牛们的Git-Hub 网站

很多懂程序, 喜欢分享的大牛们都有自己的github网址,下面会逐渐完善。

1)https://github.com/Ionizingwww.bigbrosci.com这个网站就是这牛人帮忙搭建的)

2)https://github.com/wangvei (VASPkit的作者,王伟老师)

3)https://github.com/QijingZheng (很屌的一个大牛,虽然没见过)

4) https://github.com/obaica (只要Follow了他,基本就可以找到其他大牛的github了)

5)https://github.com/tamaswells (脚本小王子,the king of sharing)

6)https://github.com/jensengroup (总有一些人,会默默地支持穷人们的科研)

7)https://github.com/LePingKYXK

8)http://home.ustc.edu.cn/~lipai/scripts/vasp.html

理论计算,推荐书籍:

1) Density Functional Theory: A Practical Introduction

http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9780470447710

有权限的直接下载;没有权限的不要在网上瞎求,很多公式都不全,这个要注意。

2)Atkin’s Physical Chemisty (10th)

网上到处都是,最新的是第10版,如果下载不了,看第9版即可。

3)of Modern Catalysis and Kinetics

做多相催化的强烈建议!http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/3527602658

以上书籍,如不提供下载链接,基本都可以在 http://gen.lib.rus.ec/ 这个网站获得。

溶剂相关的:

https://www.organicdivision.org/wp-content/uploads/2016/12/organic_solvents.html

http://murov.info/orgsolvents.htm

求职相关

Psik Network: http://psi-k.net/

注册后,一旦有人在网络里面发送海外职位信息,你便会收到邮件提醒。更为重要的是,网站里面有很多珍贵的学习资料。

Linkedin 领英 https://www.linkedin.com/,

有些老板也会在这上面发布招聘信息,本人当年的博士位置,就是在这里面发现的。

Research gate: https://www.researchgate.net/,

可以用来下文献,关注同行最新进展。


(七)理论计算,推荐书籍:

1 DFT: A Practical Introduction

http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9780470447710

1)有权限的直接下载

2)没有权限的不要在网上瞎求,很多公式都不全,这个要注意。

2 Atkin’s Physical Chemisty (10th)

网上到处都是,最新的是第10版,如果下载不了,看第9版即可。

3 Concepts of Modern Catalysis and Kinetics 多相催化的强烈建议!

http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/3527602658

以上书籍,如不提供下载链接,基本都可以在 http://gen.lib.rus.ec/ 这个网站获得。


其他:

1 颜色数据库:

https://www.rapidtables.com/web/color/RGB_Color.html

2 元素周期表:

http://www.rsc.org/periodic-table

https://www.ptable.com/

http://www.periodictable.com/

3 Latex相关:

本人的文章,除合作的外, 基本都是用latex写的,但是推荐网址的话,确实想不起有什么来。找一个latex入门pdf,练上几天,遇到问题google搜索,慢慢就好了。如果非要推荐一个网址的话,那么就选这个: https://tex.stackexchange.com/www.google.com


img

img

也欢迎大家关注微信公众号