Ex82 nebmake.pl 的坑(二)

前面一节,我们讲解了对于扩散这一类反应中,nebmake.pl这个命令生成IMAGES时候的一个坑。通过学习,要了解到一些脚本或者程序本身存在一些缺陷,我们在使用的时候,要避免盲目相信,直接把脚本的结构直接拿来用。总之,原则就是尽可能获取一些具有明确物理化学意义的,比较理想的初始构型。本节,讲解一下旋转过程中,nebmake.pl的坑。这里与其说是坑,不如说是nebmake.pl不适用的情况。因为涉及到旋转过程的时候,一般得到的IMAGES的结构都不咋地,需要自己认真检查,微调下结构或者重新搭结构。

这里我们讲一个极端的例子:乙烷分子的旋转

从一个交叉式的构象到另一个交叉式的构象,两个甲基绕C–C键旋转120°。如果每隔15°插一个点, 正常的结果应该如下图所示:

但是,当使用nebmake.pl这个方法产生的IMAGES结构如下图:

可以看到,

1)初始结构中,并没有旋转的效果,H原子走的是直线的路径。

2)IMAGE中,H和C原子的距离非常小,仅仅贴在一起了,显然这样的结构非常不理想。

如果使用这样的结构进行计算,第一个离子步结束后,计算出来原子间的作用力很强,会导致后面计算中分子直接散架,而这些散架的结构通常都不收敛,如果不及时检查结构,及时杀死,它会在服务器上一直就这样算着,而你还在傻傻地啃着西瓜,聊着QQ,等待结果。

解决办法:

知道有这个坑之后,怎么躲就好办多了。

1)对于类似的旋转结构,自己手动搭建;

2)使用其他的高级点的生成IMAGES的方法,例如IDPP。(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/tutorials/neb/idpp.html)

3)自己写脚本实现旋转的过程。

小节:

这两节简单介绍了一下生成NEB计算IMAGES需要注意的地方,不管咋地,原则还是要再啰嗦一遍:尽可能得到具有理想物理化学意义的初始结构。毕竟好的开始是成功的一半。有兴趣的可以算一下这两节例子,加深一下自己的印象。有大佬公众号留言说贴自己的代码教程怒怼IDPP,希望看到的可以联系俺(lqcata@gmail.com)。