Ex76 NEB计算前结构的检查(二)

前面一节,我们提到说,在Ubuntu或者其他Linux系统下面,可以使用p4vasp或者ASE将结构批量打开,查看我们初步设置的NEB路径是否合理。但是在Windows系统下,我们不方便使用命令进行查看。这里介绍一下在Windows下面通过VASPkit结合VMD查看NEB路径结构的方法。

软件的获取:

vaspkit的使用

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iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$ ls
00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 INCAR KPOINTS NEB.pdb POTCAR
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$ rm NEB.pdb
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$ ls
00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 INCAR KPOINTS POTCAR
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$ vaspkit

+---------------------------------------------------------------+
| VASPKIT Version: 0.71 (16 Nov. 2018) |
| A Pre- and Post-Processing Program for VASP Code |
| Official Website: http://vaspkit.sourceforge.net |

*
*
*
*
0) Quit
------------>>
5
==================== Catalysis-ElectroChem Kit ==================
501) Thermal Corrections for Adsorbate
502) Thermal Corrections for Gas
503) d-Band Center (experimental)
504) Convert NEB-Path to PDB Format for Animation

0) Quit
9) Back
------------>>
504
+-------------------------- Warm Tips --------------------------+
See An Example in vaspkit/examples/neb_animation.
+---------------------------------------------------------------+
-->> (1) Reading Structural Parameters from 00/POSCAR File...
+---------------------------------------------------------------+
*
*
*
+---------------------------------------------------------------+
| Selective Dynamics is Activated! |
+---------------------------------------------------------------+
-->> (*) Reading Structural Parameters from 09/POSCAR File...
+---------------------------------------------------------------+
| Selective Dynamics is Activated! |
+---------------------------------------------------------------+
+---------------------------------------------------------------+
| * DISCLAIMER * |
| CHECK Your Results for Consistency if Necessary |
| Bug Reports and Suggestions for Improvements Are Welcome |
| Citation of VASPKIT Is Not Mandatory BUT Would Be Appreciated |
| (^.^) GOOD LUCK (^.^) |
+---------------------------------------------------------------+
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$ ls
00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 INCAR KPOINTS NEB.pdb POTCAR
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/demo_neb$
  • 在终端输入:vaspkit
  • 输入:5 后回车
  • 输入:504 后回车
  • 然后你会得到一个NEB.pdb文件。
  • pdb文件包含了00到09这几个文件夹中POSCAR的结构信息,用以VMD进行 查看。

VMD 查看pdb文件

使用VMD查看pdb的方法,我们将VASPkit中的具体说明拿过来展示一下:

  • Windows系统中启动VMD程序
  • 将我们在服务器中生成的NEB.pdb文件下载到本地,然后拖到VMD的界面
  • VMD主窗口选择菜单 Display —> Orthographic 正交显示模式
  • VMD主窗口选择菜单Graphics —> Representations —> Drawing Methods 选择 CPK
  • 默认是不显示盒子边界的,在VMD主窗口选择菜单 Extensions ,选择 Tk Console , 在弹出的VMD TkConsole 窗口中输入 pbc box -color white ,然后回车,查看模型结构。
  • 点界面的右下角的箭头后,你可以看到我们初步猜测的NEB路径中原子快速动起来了。箭头左面有个speed,我们可以调节原子的速度。
  • VMD主窗口选择菜单 Mouse —> Label —> 2, 然后去模型界面上,点与NEB路径中最相关的2个原子,就可以查看NEB路径中,原子间距离随着IMAGE结构的变化了。

总结

Windows下的用户,在做过渡态计算的时候,可视化是一个痛点,通常来说,Images中的结构都只能一个一个打开查看,计算的时候不能很好地体会一个反应的发生路径。使用VASPkit则可以顺利地解决这个问题,这个功能更详细的说明,请参考VASPkit的使用手册。当然,这个方法也适用于Linux操作系统下VASPkit + VMD的操作。此外,大师兄还是建议大家有余力的时候多多接触类似于Ubuntu,Centos这样的Linux操作系统。