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  1. 1. 简单说明
    1. 1.1. POSCAR的输入
      1. 1.1.1. 两点说明
  2. 2. 本节重点:

$\require{mediawiki-texvc}$

这一节,我们学习VASP计算中模型的文件:POSCAR

简单说明

POSCAR 里面包含了你要进行计算的模型结构信息。也就是你要研究的对象。POSCAR有自己固定的格式,每一行都有特定的含义,认真掌握这些,对于搭建模型非常有帮助。对于本节的例子:O原子的计算中,我们要把O原子放到一个格子里面,格子大小为:8 $\times$ 8 $\times$ 8 $\AA{^3}$。那么POSCAR应该这样写。

POSCAR的输入

1
2
3
4
5
6
7
8
9
O atom in a box 
1.0 # universal scaling parameters
8.0 0.0 0.0 # lattice vector a(1)
0.0 8.0 0.0 # lattice vector a(2)
0.0 0.0 8.0 # lattice vector a(3)
O # O element, not zero
1 # number of atoms
Cartesian # positions in cartesian coordinates
0 0 0 #

详解:

  • 第一行:同样随便写,但不能不写;

  • 第二行:Scale factor,称为缩放系数,这里是1.0;

  • 第三到五行:是组成格子的三条边的坐标信息;从原点出发,在xyz轴上分别取8$\AA$。这个很容易理解;

  • 第六行:体系中的元素,这里我们算的是氧原子,所以写:O,即氧的元素符号。需要注意的有以下几点:

    • vasp4.xx版本里面没有这一行,不过现在几乎没人用4.X的版本了;
    • O的符号和数字0容易混淆,一定要注意;
    • 第一个元素符号要顶格写,前面不要有空格,有可能会出错;
    • 如果计算文件夹里面,已经有与结构相一致的POTCAR,那么POSCAR里面即使删了这一行有不会影响计算,VASP会读取POTCAR中的元素信息,但输出文件CONTCAR中会把该行自动加上。(新手跳过)
  • 第七行:与第六行中元素相对应的原子数目,这里我们只有1个氧原子,所以写成1;

  • 第八行:体系中原子的坐标系,可以为笛卡尔坐标,也可以为分数坐标系。注意的有以下几点:

    • 这一行同KPOINTS的第三行一样,即只认第一个字母;
    • C或者c代表笛卡尔坐标, D或者d代表分数坐标系;
    • VASP输出文件CONTCAR里面采用的是分数坐标系。
  • 第九行:体系中原子的坐标信息。这里我们把O原子放到了原点(0.0 0.0 0.0)的位置,大家也可以随便放一个位置,比如:(4.0 5.0 6.0),(1.1 2.5 6.5)都是可以的。由于周期性的存在,不管你怎么放,相邻两个格子之间氧原子的距离都是一样的。

  • 写完之后,和INCAR,KPOINTS文件一样,直接保存成POSCAR即可。
两点说明
  • 第二行中的Scale factor还可以写成其他的数字,例如:写成2.0,则后面的格子以及原子坐标相关的数值都要除以2。一般来说,写成1.0即可,这样比较直观,清晰;

  • 笛卡尔和分数坐标系的区别是从原子的坐标行开始的(这个例子里面是第8行),即坐标前面的都保持完全一致。 也就是说,如果想从笛卡尔转换成分数坐标,我们只需将Cartesian改成Direct,然后修改后面的原子坐标,而Cartesian行前面的部分保持不变。

本节重点:

  • 学会写O原子在格子里面这个模型的POSCAR;
  • 知道每一行所代表的含义。
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  1. 1. 简单说明
    1. 1.1. POSCAR的输入
      1. 1.1.1. 两点说明
  2. 2. 本节重点:
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