Ex25 乙醇分子的振动频率计算(三)
本节推荐一款可视化程序：Jmol，可以用来看分子结构以及振动频率。Jmol 是一款Java语言编写的，开源，Linux，Windows均可的使用的可视化软件。还记的我们从ChemSpider获取乙醇分子的情景吗？
对了！RSC的网页版中，乙醇分子的3D结构就是通过 Jmol 展示给大家的（3D图上方），并且我们下载的结构也是jmol格式的文件！可以通过 Jmol 直接打开。现在我们通过在电脑上运行Jmol，并查看分子的结构和振动频率。
1. Jmol在windows和linux下的安装：
1.1 安装前准备（Java运行环境的安装）
Windows下：直接百度Java Runtime Environment（JRE），安装软件。
也可以官网下载：http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html
注意两点：
1： 接受许可，
2：64位系统下载箭头所指的文件，然后安装即可。
Linux下Java运行环境安装移步下方链接：
怎样在Ubuntu 14.04中安装Java： https://linux.cn/article-3792-1.html
或者直接使用命令：1
sudo apt-get install default-jre
1.2 Jmol软件的下载和安装
- Windows：
https://sourceforge.net/projects/jmol/files/Jmol/
打开链接后，图中箭头指的地方下载最新版的（Linux其实和Windows下载的文件一模一样，见后面说明），也可以任选版本进行下载。
等待几秒后会弹出下载的窗口，其他浏览器也应该一样。
解压缩后就算安装好了，可以直接运行。
运行 Jmol 程序：
上图中 箭头1所指为 jmol.bat 文件，箭头2所指为 Java的可执行文件：jmol.jar。在Windows下任选一个双击即可打开 Jmol 程序。建议将解压缩之后文件夹中的jmol.bat或者jmol.jar 文件右键发送到桌面快捷方式。打开后如下图：
Linux下安装 Jmol 的方法:
在 https://sourceforge.net/projects/jmol/files/Jmol/下载 Jmol（和前面介绍的Windows下载的文件一模一样），解压后的文件复制到usr/bin中，打开文件时在命令行输入jmol.sh 文件名即可（注意，jmol.sh和文件名之间 有空格！）。将解压目录加入.bashrc路径中也可以实现，同时需要给jmol.sh加上可执行权限，即chmod u+x jmol.sh，打开文件的方法仍用jmol.sh 文件名。(QQ群友：连赞提供！)
大师兄在Linux系统下的操作如下：
a）下载和Windows版的过程一样，下载完毕后，解压，
b）终端里面进入解压后的文件夹：
注意一下几点：
b.1) jmol.sh就是我们在Linux系统下面的命令（Windows里面我们用jmol.bat 和 jmol.jar）；
b.2) 首先赋予它可执行的权限：1
chmod u+x jmol.sh
相反地，取消权限：1
chmod u-x jmol.sh
b.3) 这里大师兄电脑下，jmol.sh变成绿色的了（不同电脑显示会不同，不要纠结）
b.4) 尝试运行一下： ./jmol.sh OK
b.5) 下面设置环境变量：打开 ~/.bashrc 文件，并加入这一行：
1 | export PATH=$PATH:~/Downloads/jmol-14.20.2:$PATH |
注意：
- 等号=前后没有空格, 后面紧跟着
$PATH； - 再往后是一个冒号，冒号前后也不能有空格，填上Jmol的解压目录！！！
b.6) 保存.bashrc 文件并source一下: . ~/.bashrc （注意前面的 . ）或者使用命令：1
source ~/.bashrc
c） 进入其他目录，运行 Jmol 命令：下图中~/Destkop/freq 目录下有我们关于乙醇频率的计算结果。
大功告成！！！
此外，sudo apt-get install jmol这样安装的是旧版本，强烈不建议，原因如下：
可能图片有些模糊，但不重要！旧版本的不支持 OUTCAR…安了也是白搞！！！
2 使用Jmol可视化分子振动
2.1 载入振动文件到 Jmol
Windows：直接将频率计算得到的OUTCAR拖到jmol.bat就可以了
Linux：直接 jmol 文件名
两个系统下面均可使用左上角的 文件à打开à选择OUTCAR导入。
得到如下界面。但是分子并没有开始振动，只是显示了其结构。
（该结构和ChemSpider上的一样！）
要查看振动模型，需要以下两步，选中振动模型和开启振动。这两步有多种方法可以实现，总结如下。
2.2 选择振动模型
A）可以在工具—>原子库选择器中选中要查看的振动模型
注意，先把右边的按钮拉倒底，然后双击Frequencies展开频率信息， 如下:
B) 也可以直接右键—>模型中选中
2.3 开启振动
A) 原子库选择器中最下方: 振动—>振动开 可实现， 点击后，原子就开始振动了。
B) 在菜单栏—>工具—>震动 中开启（原子库选择器选中时采用这种方式，需要先开启再选中）
C) 也可以右键 —> 振动 —> 开启
2.4 查看不同振动
A) 原子集选择器中的频率列表，双击其中的一个就显示其振动方式了。
B) 要查看下一个振动还可以通过点击向右的这个箭头就可以了。
以上就是本节关于 Jmol 可视化的介绍了，更多信息，请查看 Jmol 的wiki：
http://wiki.jmol.org/index.php/Main_Page
3 扩展练习：
3.1 熟练掌握 Jmol 的软件安装，查看频率的基本操作。
3.2 通过在Linux系统下面安装 Jmol，尝试着安装其他软件；
3.3 分析各项频率值对应的分子或者原子的移动。
4 总结
本节主要介绍给大家一款除了 p4vasp 之外的另一款 VASP 可视化的软件，不仅仅局限在频率振动分析方面，查看POSCAR，CONTCAR也可以直接使用 Jmol 打开。该软件由连赞小朋友推荐，并编辑文中大部分内容，在此表示衷心的感谢。希望大家都可以熟练掌握这款软件。Linux下面可以直接用命令： jmol 文件名，打开查看结构，非常方便。