A10 超算中心使用前的准备工作(二)

天河二号(吕梁超算)提交VASP作业的脚本和命令


上一节我们讲了怎么连接天河2号超算中心。这一节,我们主要讲一下VASP提交任务的脚本和命令。在天河2号提交任务非常简单,大家只要记住:一个脚本一个命令就可以了。首先我们看一下提交任务的实例:

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iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex_a09$ ls
INCAR job_sub KPOINTS POSCAR POTCAR
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex_a09$ yhbatch -p gsc -N 1 -J test job_sub
Submitted batch job 1028912
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex_a09$ yhq
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
1028912 gsc test iciq-lq PD 0:00 1 (None)

上图中:

1) job_sub 是提交任务的脚本,内容如下:

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#!/bin/bash
export LD_LIBRARY_PATH=/THFS/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
yhrun -p gsc -n 24 /THFS/opt/vasp/5.4.4/vasp.5.4.4/bin/vasp_std

2) 提交任务的命令:

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yhbatch -p gsc -N 1 -J test job_sub

-p gsc 是指定提交任务的队列

-N 1 是提交任务的节点数(每个节点24核)

-J test 是提交任务的名字,这里我们给任务起的名字是:test。

4)如果你想用2个节点,提交一个名为 bigbro的任务,可以使用下面的命令:

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yhbatch -p gsc -N 2 -J bigbro job_sub

不同版本的任务提交

当然,超算中心上上面也安装了不同的VASP版本,5.3,5.4以及用于过渡态计算的VTST系列版本。如果我们使用编译了VTST的5.4.4版本提交一个过渡态的任务。需要做的有2点:

1) 找到编译了VTST的5.4.4版本的VASP安装目录。在天河2号,所有的软件都装在 /THFS/opt 这个目录下。Vasp也不例外,如果你进入这个目录,就会发现它。

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iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex78/step2$ cd /THFS/opt/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt$ cd vasp/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp$ ls
5.2 5.3.5 5.3.5_neb 5.3.5-wannier90-2.0 5.4.1_neb .... 5.4.1_sol_vtst 5.4.4_neb ....
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp$ cd 5.4.4_neb/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb$ ls
vasp.5.4.4 vasp.5.lib vtstcode-174 vtstcode.gz vtstscripts-933 vtstscripts.gz
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb$ cd vasp.5.4.4/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4$ ls
arch bin build makefile makefile.include README src
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4$ cd bin/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin$ ls
vasp_gam vasp_ncl vasp_std
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin$ pwd
/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin$

一路追踪,直至找到安装目录中bin文件夹下面的vasp_std可执行程序(一般是绿色的)。使用pwd命令得到当前的路径。

2) 修改提交任务脚本的最后一行:

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#!/bin/bash
export LD_LIBRARY_PATH=/THFS/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
yhrun -p gsc -n 24 /THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin/vasp_std

将之前的目录,替换成刚刚通过pwd命令输出的内容。记得在目录后面加上vasp_std 表示你要运行这个目录下的vasp_std文件。

小结

到此为止,连接VPN,天河2号,挂载服务器到本地电脑,互传文件,以及使用脚本提交vasp任务。你已经都掌握了。后面的就是好好利用超算中心,得到自己所期望的数据,好好搞科研了。如果想试用超算中心,加下方的QQ群,或者直接联系超算中心即可。


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