天河二号（吕梁超算）提交VASP作业的脚本和命令
上一节我们讲了怎么连接天河2号超算中心。这一节，我们主要讲一下VASP提交任务的脚本和命令。在天河2号提交任务非常简单，大家只要记住：一个脚本和一个命令就可以了。首先我们看一下提交任务的实例：
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| iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex_a09$ ls
INCAR job_sub KPOINTS POSCAR POTCAR
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex_a09$ yhbatch -p gsc -N 1 -J test job_sub
Submitted batch job 1028912
iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex_a09$ yhq
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
1028912 gsc test iciq-lq PD 0:00 1 (None)
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上图中：
1） job_sub 是提交任务的脚本，内容如下：
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| #!/bin/bash
export LD_LIBRARY_PATH=/THFS/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
yhrun -p gsc -n 24 /THFS/opt/vasp/5.4.4/vasp.5.4.4/bin/vasp_std
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2） 提交任务的命令：
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| yhbatch -p gsc -N 1 -J test job_sub
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-p gsc 是指定提交任务的队列
-N 1 是提交任务的节点数（每个节点24核）
-J test 是提交任务的名字，这里我们给任务起的名字是：test。
4）如果你想用2个节点，提交一个名为 bigbro的任务，可以使用下面的命令：
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| yhbatch -p gsc -N 2 -J bigbro job_sub
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不同版本的任务提交
当然，超算中心上上面也安装了不同的VASP版本，5.3，5.4以及用于过渡态计算的VTST系列版本。如果我们使用编译了VTST的5.4.4版本提交一个过渡态的任务。需要做的有2点：
1） 找到编译了VTST的5.4.4版本的VASP安装目录。在天河2号，所有的软件都装在 /THFS/opt 这个目录下。Vasp也不例外，如果你进入这个目录，就会发现它。
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| iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex78/step2$ cd /THFS/opt/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt$ cd vasp/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp$ ls
5.2 5.3.5 5.3.5_neb 5.3.5-wannier90-2.0 5.4.1_neb .... 5.4.1_sol_vtst 5.4.4_neb ....
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp$ cd 5.4.4_neb/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb$ ls
vasp.5.4.4 vasp.5.lib vtstcode-174 vtstcode.gz vtstscripts-933 vtstscripts.gz
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb$ cd vasp.5.4.4/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4$ ls
arch bin build makefile makefile.include README src
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4$ cd bin/
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin$ ls
vasp_gam vasp_ncl vasp_std
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin$ pwd
/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin
iciq-lq@ln3:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin$
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一路追踪，直至找到安装目录中bin文件夹下面的vasp_std可执行程序（一般是绿色的）。使用pwd命令得到当前的路径。
2） 修改提交任务脚本的最后一行：
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| #!/bin/bash
export LD_LIBRARY_PATH=/THFS/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
yhrun -p gsc -n 24 /THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin/vasp_std
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将之前的目录，替换成刚刚通过pwd命令输出的内容。记得在目录后面加上vasp_std 表示你要运行这个目录下的vasp_std文件。
小结
到此为止，连接VPN，天河2号，挂载服务器到本地电脑，互传文件，以及使用脚本提交vasp任务。你已经都掌握了。后面的就是好好利用超算中心，得到自己所期望的数据，好好搞科研了。如果想试用超算中心，加下方的QQ群，或者直接联系超算中心即可。
超算中心试用联系方式：lvlianghpc01@163.com；
联系电话（微信）：15383480556 18903588277