A09 超算中心使用前的准备工作(一)

感谢吕梁超算中心的支持,以后VASP的学习系列练习,都将在天河二号上面进行展示操作。一方面帮助大家继续学习VASP知识,另一方面也帮助大家快速掌握使用超算中心计算的技巧,进而避免一些焦头烂额的琐事。今天我们先讲解一下怎么在Ubuntu系统上,1)安装VPN, 2)连接天河二号超算中心,3)以及将超算中心挂载到本地电脑上,进行文件互传。

如果你是Windows用户,管理员在发送账号的时候,已经将使用说明一起发给你了。相信大家都可以顺利链接。那么请跳过本节内容。

但是Linux系统在计算具有的独特优势是Windows所不能比的,建议Windows用户继续看下去,对以后使用Linux系统做计算会有帮助。下一节,我们介绍如何使用脚本运行VASP软件,由于本人还在摸索,需要和管理沟通学习,大家再耐心等待一天。如果你想要试用或者申请超算中心的机时,请加QQ群:国防科大吕梁超算中心(204521798)了解更多的信息。


1 下载Linux版的VPN软件:

链接:https://www.hillstonenet.com/our-products/next-gen-firewalls-e-series/

直接跳到网页最底部,右侧点击 Linux OS 下载。注意:这个VPN不支持Ubuntu17 和 18的版本。


2 安装Linux 版VPN

Hillstone 官网已经给出了详细的安装说明, 链接如下:

http://docs.hillstonenet.com/en/Content/7_VPN/SSL_VPN_Client_L.htm#Starting

大家可以参考链接,也可以根据下面的步骤进行。本人直接将官网的照片复制过来了。

找到刚才下载的vpn软件: 右击 –> 点击最底部的Properties


在弹出的窗口中,将Execute的那个框选中,然后点击左上角的叉号直接关闭。、

双击这个软件的图标,一步一步点下去,这样就完成安装啦,同时桌面上会生成VPN的快捷方式图标。


3 连接VPN

1) 打开VPN:双击桌面的VPN图标,会弹出让你输入电脑密码的对话框,输入密码,点击Authenticate按钮。

2) 点击下图中的New 对应的加号,会弹出对话框,让你输入IP,账号密码

注意:

  • Name, Description 这两项随便填。

  • Host的IP超算中心给了三个,大家根据自己的网进行选择,如果一个不行,换另一个试试即可。

  • Port 就是 4433

  • User name和Password是VPN的账号和密码!!!

  • 一定要选中Remember Password. 因为管理员给的密码实在是太安全了,Linux的VPN不能修改密码。如果嫌密码麻烦,可以在Windows连接成功后,修改VPN的密码。

4) 点击OK就开始连接了

5) vpn的官网的填写说明,大家把网页中的第三条展开就可以看到了

6) 连接过程以及成功是这个样子:


4 通过ssh连接超算中心服务器:

VPN登录成功后,后面我们就可以通过Terminal连接超算中心了。为了方便,提高效率,强烈建议大家按照下面的步骤进行:

1) 安装sshfs

这个用于把超算中心挂载到你的本地电脑上,后面再细说,先安装好。可以命令行一键搞定。

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sudo apt-get install sshfs

2) 在home目录下建一个文件夹,名字为: lvliang

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mkdir ~/lvliang

3) 将下面的内容加入到 .bashrc 文件中,将下面代码中的172.16.20.XX 换成超算管理员发给你的IP地址。

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####lvliang###
alias lvliang='ssh iciq-lq@172.16.20.XX'
alias mlvliang='sshfs iciq-lq@172.16.20.XX: ~/lvliang/'
alias ulvliang="sudo umount ~/lvliang -l"
  • lvliang 这个命令用来连接超算中心,提交任务,运行命令处理任务等
  • mlvliang 用来挂载超算中心到你的电脑上,相当于把超算中心看作成一个移动硬盘
  • ulvliang 用来卸载超算中心。

4) 保存后,更新下 .bashrc 文件,然后直接敲命令: lvliang 即可连接超算中心。

第一次连接,可能会出来一堆提示东西,输入Yes ,回车即可。

输入自己的超算中心账号密码,就可以登录啦。

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qli@bigbro:~$ . .bashrc 
qli@bigbro:~$ lvliang
iciq-lq@172.16.20.10's password:
Last login: Tue Dec 4 18:22:59 2018 from 172.16.31.135

5)新用户刚开始的时候主目录下面什么都没有,强烈建议大家建一个 bin 文件夹,用来存放脚本。直接 mkdir ~/bin 即可。


5 上传或者下载数据(sshfs的使用)

1) 挂载超算中心到自己的本地电脑。

打开一个新的终端,

  • 输入前面我们写进.bashrc文件中的命令: mlvliang (m是mount的缩写)。
  • 输入超算中心的密码:
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qli@bigbro:~$ mlvliang 
iciq-lq@172.16.20.10's password:
qli@bigbro:~$ cd lvliang/
qli@bigbro:~/lvliang$ ls
bin LVASPTHW POTCAR test_jobs
qli@bigbro:~/lvliang$

现在超算中心就成功被挂载到我们电脑上了,我们可以随时进入并访问超算中的文件夹,通过cp、mv、rsync等命令往里面传数据,或者下载数据到本地的电脑。


2) 例子1 :

挂载超算中心登录后,我们将Ex01的文件下载(通过cp命令)到本地电脑桌面上。

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qli@bigbro:~/lvliang$ ls
bin LVASPTHW POTCAR test_jobs
qli@bigbro:~/lvliang$ cd LVASPTHW/
qli@bigbro:~/lvliang/LVASPTHW$ ls
ex01 ex02 ex03 ex04 ex05 ex06 ex07 ex08 ex09 ex10 ex11 ex12 ex13 ex14 ex15 ex74 ex77 ex78 potcar
qli@bigbro:~/lvliang/LVASPTHW$ cp ex01 ~/Desktop/
qli@bigbro:~/lvliang/LVASPTHW$ ls ~/Desktop/ex01/
INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR

3) 例子2 :

我们将电脑桌面的ex16文件夹上传(通过cp命令)到超算中。

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qli@bigbro:~/lvliang/LVASPTHW$ ls
ex01 ex02 ex03 ex04 ex05 ex06 ex07 ex08 ex09 ex10 ex11 ex12 ex13 ex14 ex15 ex74 ex77 ex78 potcar
qli@bigbro:~/lvliang/LVASPTHW$ cp ~/Desktop/ex16 .
qli@bigbro:~/lvliang/LVASPTHW$ ls
ex01 ex02 ex03 ex04 ex05 ex06 ex07 ex08 ex09 ex10 ex11 ex12 ex13 ex14 ex15 ex16 ex74 ex77 ex78 potcar
qli@bigbro:~/lvliang/LVASPTHW$

4) 注意事项:

1) 必须通过mlvliang这个命令将超算中心挂载到本地电脑上之后,我们才可以互传文件。

2) 如果还没有挂载,就将电脑的内容复制到lvliang这个文件夹中,那么挂载之后,服务器中不会显示刚刚复制的内容

3) 不要用鼠标点击电脑里面的文件夹查看文件,这样会很慢,只能使用命令!!!切记!!

4) 卸载的时候,使用mlvliang 这个命令,然后输入自己的电脑密码(不是超算中心的了。)

5) 我们这样做,相当于把超算中心当做一个移动硬盘来使用,非常方便。

6 异常问题的处理

1)挂载超算中心到本地电脑上的时候,有时候因为网络连接,会出现下图中的错误。这时候我们先使用ulvliang命令把超算中心卸载掉,然后再重新挂载就可以了。

2) 如果上面还解决不了的话,可以尝试着先关机,出去溜达一会儿,然后回来再弄。或者找超算管理员解决。他们一般都很上心,服务响应很快。

小结

本节就先介绍到这里,大家可以通过这样的方式,安装VPN,连接以及挂载超算中心,并将自己的文件上传到超算中心(比如VASP的那一堆POTCAR文件,自己的脚本,任务文件等等)。先把准备工作做好,下一节我们就可以提交任务进行计算了。