Learn VASP The Hard Way (Ex18):如何学习VASP?

2017-07-19


Ex18  如何学习VASP




前面一节,我们讨论了ENCUT对计算的影响,希望大家看了之后有所帮助。本节我们先暂缓一下,因为很多同学过于依赖本书,偏离了大师兄写书的初衷。本节我们重申一下本书的学习方式以及目的:1本参考书 + 1个网址

大师兄刚读博士的时候,老板并没有直接给我课题组,也没有让我自学或者跟组里的其他人学习VASP,而是花了一个月的时间让我读完此书和亲自指导我练习,这种的传授方式,是国内很多不负责任的导师需要学习的。虽然我老板每天都很忙,所有刚刚加入我们组的博士,都是老师亲手指导出来的。



老板指定的参考书:


书的作者简历,有兴趣的可以去搜一搜。这本书对于初学者来说,很容易掌握计算的要领。而对于老手们来说,此书经常翻阅,定会不断提升你的计算水平和对计算的理解。我们举两个例子,请认真阅读里面的内容,并理解。

 第一章开始,为了缓解大家对DFT的恐惧,举了一个理论计算与开车的关系


此开车非彼开车,老司机闭嘴,认真看,不许笑!



你需要做的是如何正确地驾驶汽车,定期维护它,但你并不知道怎么去造一辆车; 类似地,你需要做的是如何正确地理论计算,避免常见的错误,但你不知道VASP程序是怎么写出来的。




例子2:关于收敛的解释:


第三章开始的部分,介绍了收敛在计算中的意义。Numerical Convergence 和Physical reality的联系: DFT计算收敛了不等于薛定谔方程求解了。而体系的性质是由薛定谔方程的解来确定的!所以DFT计算结果的物理或者化学意义才是最终要的。

 


DFT的求解的结果一定等于薛定谔方程的求解结果吗?其中的含义,大家自己去慢慢琢磨。




此外,网上的免费版本里面,很多公式符号不全。大师兄学习的时候深受其害:如图:



图中阉割版的箭头处都是空白,你不知道是正,是负,是乘还是除。所以,为避免这种情况对阅读造成理解上的困难,建议去wiley官网下载未阉割版(有权限的话),或者大师兄QQ群文件下载,也可以点击下面链接直接下载:(密码:BigBroSci)


 /DFTAPI




2一个网址: VASP官网


 学习VASP,最权威和丰富的资料参考就是官网啦。对于很多新手,手上的教程有一堆,从网上找的,师兄师姐传下来的。但那些都不如官网的例子和说明准确和直接。


查看下官网的内容:https://www.vasp.at/ 



1 VASP在线手册;

2 VASP Pdf 手册;

3 VASP wiki 入口;

4 实用的教程和参考文档。




老板亲自指导我学习VASP的时候,教程就是官网中的Handonsession 系列。(图中蓝色圈出来的部分)。每天让我重复教程里面的练习,提醒里面的易错部分,算什么性质需要注意什么参数,以及让我主动思考里面各个计算的含义。这一些东西在Learn-VASP-The-Hard-Way本书中都会讲到。在建议大家下载里面的内容,认真练习,学习。


注意:

新手也好,老司机也罢,不再建议去学习handonsession的例子,因为那是老掉牙的ppt了,最新的VASP官方workshop的ppt见下面链接: 

http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016

http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/ (另一个参考网址,里面附带了Youtube的workshop视频)




除了VASP官网的这些参考资料外,使用说明书是我们需要经常翻阅的。

遇到不会的,不懂的,有疑问的参数,请尽情的翻阅VASP官网吧。这里推荐VASP的Wiki网址。

https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/The_VASP_Manual  (请务必收藏本网址

如图:

 


1:查询参数含义,设置的时候,进行搜索;

2:新手们从这里点击开始;

3:VASP的计算实例,大家可以参考里面的说明计算自己的体系性质;

4:INCAR的参数列表,大家没事多多点击里面的各个参数;查看含义;

5:再下面就是一些理论背景知识了,建议系统学习DFT的相关书籍,Wiki中的内容有限,只能作为参考。




3 扩展练习:


1 下载Density Functional Theory:A Practical Introduction 这本书;

2 下载VASP官网中的参考文件;pdf 手册;

3 保存VASP的wiki入口网址,并翻阅浏览其中的内容;

4 结合上一节所学,测试一下KPOINTS对O2计算的影响;

5 文章底部,是VASP学习的微信群,有兴趣的可以扫描加入。




4  总结:


本节可能是内容最差的一次了,因为没有讲解任何关于VASP的知识。但本书的初衷是引导大家去主动学习VASP,而不是教会大家VASP,而本节提到的参考书和官网则是新手们学习VASP最简单有效的途径。当然,还有很多有宝贵的参考书籍供大家阅读。如果你是新手的话,能把本节介绍的书啃完,再结合官网的计算一些示例练习,你的计算水平会得到极大的提升。



如有错误,疑问,或者建议,请发邮件联系大师兄: qli@bigbrosci.com

给大师兄留言:QQ号(2674006510)  微信: BigBroSci

加入大师兄QQ群:遇见大师兄 217821116 (先根据群公告修改群名片,若不修改,一经发现,立即踢出。

如果你有自己的科研经验和心得,也欢迎分享给大家!

此外,QQ群专注于科研思维的碰撞与科研生活的分享,本书中已经详细解释或者指明的易出错部分,不建议在群中继续咨询,请大家认真学习并主动积极地去思考和练习。


如果喜欢大师兄的文章,欢迎关注我们,转载,转发。

打赏一下,鼓励大师兄们写出更好的文章!



本网站由阿里云提供云计算及安全服务